Lisansüstü Eğitim Enstitüsü’nün temel amacı, yüksek nitelikli insan gücünü yetiştirmenin yanı sıra gelişmeye ve kalkınmaya yön vermek üzere projeler geliştirmek ve bilimsel araştırmalar yapmaktır. Kurulduğu günden bugüne bu amaçla hareket eden Karabük Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, yapısal anlamda geçirdiği bir dönüşümle daha bütüncül bir çizgide hedeflerine doğru emin adımlarla ilerlemektedir. Karabük Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 2007 yılında kurulan Fen ve Sosyal Bilimler Enstitüleri ile 2011 yılında kurulan Sağlık Bilimleri Enstitüsünün 2019 yılında birleştirilmesiyle mevcut yapısına kavuşmuştur. Karabük Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, bugün itibariyle aktif olarak eğitim-öğretime devam eden, Fen Bilimleri alanında 24 Yüksek Lisans, 17 Doktora, Sağlık Bilimleri alanında 13 Yüksek Lisans, 3 Doktora, Sosyal Bilimleri alanında 28 Yüksek Lisans, 4 Uzaktan Eğitim Tezsiz Yüksek Lisans, 16 Doktora programıyla faaliyetlerini sürdürmektedir.